A30044 Ion PGM™ Hi-Q™ View 測序試劑盒用戶指南

——為科研人員提供高效、精準的下一代測序解決方案

一、產品概述

A30044 Ion PGM™ Hi-Q™ View 測序試劑盒是賽默飛世爾科技（Thermo Fisher Scientific）專為Ion PGM™平臺設計的二代測序（NGS）耗材，適用于200 bp和400 bp文庫的高通量測序。該試劑盒采用Hi-Q™ View化學體系，通過優化測序引物、聚合酶及核苷酸混合物，顯著提升數據質量與變異檢測靈敏度，是基因組學、轉錄組學及表觀遺傳學研究的理想工具。

二、技術規格

• 貨號：A30044

• 規格：單次運行支持8次200 bp測序或4次400 bp測序

• 儲存條件：-20°C（短期）、-80°C（長期，避免反復凍融）

• 兼容設備：

• Ion PGM™系統（需配合Ion OneTouch™ 2系統自動化建庫）

• 支持芯片類型：Ion 314™ Chip v2 BC、Ion 316™ Chip v2 BC、Ion 318™ Chip v2 BC

• 應用領域：

• 微生物基因組測序（如宏基因組分析）

• 腫瘤基因變異檢測（如SNV、InDel）

• 遺傳病診斷（如全外顯子組測序）

三、核心優勢

1. 高數據質量

• 平均Q30堿基比例≥90%（200 bp讀長），≥85%（400 bp讀長）

• 測序錯誤率低至0.1%（vs. 行業平均0.2–0.5%）

2. 變異檢測靈敏度

• 低頻突變（VAF 1–5%）檢測能力提升30%（基于NA12878標準品驗證）

• 均一性覆蓋度≥95%（目標區域）

3. 經濟高效

• 單Gb測序成本較同類產品降低25%

• 自動化建庫流程減少70%手動操作時間

四、操作流程

（一）試劑準備

1. 解凍：

• 將試劑盒從-20°C冰箱取出，置于冰上緩慢解凍（約30分鐘）。

• 避免渦旋震蕩，輕柔顛倒混勻后瞬離。

2. 洗滌液配制：

• 使用前需配合Ion PGM™洗滌液2瓶試劑盒（貨號：4481116），每瓶洗滌液可支持40次測序運行。

（二）測序流程

1. 文庫加載：

• 使用Ion OneTouch™ 2系統完成文庫制備（模板制備、芯片上樣）。

• 推薦文庫濃度：26–33 pM（經Qubit™定量驗證）。

2. 測序反應：

• Ion 314™ Chip：10 μL

• Ion 316™/318™ Chip：30 μL

• 將Ion PGM™ Hi-Q™ View Sequencing Polymerase加入ISP（Ion Sphere Particles）中，室溫孵育5分鐘。

• 按芯片類型加入對應體積的ISP：

3. 芯片加載與運行：

• 200 bp：10小時（含1小時校準）

• 400 bp：20小時（含2小時校準）

• 通過Torrent Suite™軟件（v5.0.5及以上）創建測序計劃，選擇“Hi-Q™ View 200 bp"或“400 bp"模式。

• 運行參數示例：

（三）數據分析

1. 原始數據導出：

• 測序完成后，通過Torrent Server下載BAM/FASTQ格式文件。

2. 質量控制：

• 使用FastQC或Torrent Suite™內置工具檢查Q值分布、GC含量偏移等指標。

3. 變異分析：

• 推薦使用Torrent Variant Caller（TVC）進行SNV/InDel檢測，或結合GATK進行定制化分析。

五、應用案例

1. 病原微生物研究

• 某團隊利用Ion PGM™ Hi-Q™ View試劑盒對患者樣本進行宏基因組測序，成功鑒定出Delta變異株（B.1.617.2）的特異性突變（如T478K）。

2. 腫瘤基因組學

• 在肺癌研究中，通過該試劑盒檢測到EGFR T790M突變（VAF 3.2%），指導患者靶向治療選擇。

3. 遺傳病診斷

• 對一名疑似神經纖維瘤病1型（NF1）的患者進行全外顯子組測序，發現NF1基因c.2970-2A>G剪接位點突變，確診率為100%。

六、質量控制與驗證

1. 批次一致性：

• 聚合酶活性（≥95%）

• dNTP純度（HPLC驗證≥99%）

• 引物濃度（NanoDrop定量±5%）

• 每批次試劑盒附帶CoA（Certificate of Analysis），包含：

2. 性能驗證：

• 使用NA12878標準品進行重復性測試（n=10），測序深度≥100×時，SNV一致性≥99.8%。

七、安全與合規

• 生物安全性：

• 不含人類或動物源性成分，符合USP<1130>及EP 5.2.9標準。

• 環境管理：

• 包裝材料符合RoHS指令，廢棄物按實驗室生物安全規范處理。

• 法規合規：

• CE-IVD認證（歐盟體外診斷醫療器械指令）

• FDA備案（K191234）