特異性：Qubit RNA IQ Assay Kit 的原配熒光染料對 RNA 具有高度特異性，能準確結合 RNA，排除其他生物分子如 DNA、蛋白質等的干擾。若使用其他品牌熒光染料，可能無法如此精準地特異性結合 RNA，比如一些染料可能也會與 DNA 有一定程度的結合，從而導致檢測結果中 RNA 濃度出現偏差，因為檢測到的熒光信號可能包含了 DNA 與染料結合產生的部分。

結合位點與親和力：原配熒光染料與 RNA 的結合位點和親和力經過精心設計，可保證在一定條件下與 RNA 充分且穩定結合，準確反映 RNA 的量。不同品牌染料的結合位點和親和力可能不同，可能無法在相同條件下與 RNA 達到最佳結合狀態，例如結合過強可能導致染料難以從 RNA 上解離，影響檢測的動態范圍；結合過弱則可能在檢測過程中染料脫落，使熒光信號不穩定，最終影響濃度測定的準確性。

激發與發射波長：Qubit 儀器是根據原配熒光染料的激發和發射波長特性進行優化設計的。其他品牌熒光染料的激發和發射波長可能與原配染料不同，若使用這些染料，Qubit 儀器可能無法提供合適的激發光，或者不能有效檢測到發射光，導致無法準確測量熒光信號強度，進而無法準確得出 RNA 濃度。

熒光量子產率：熒光量子產率決定了熒光染料在吸收光能后發射熒光的效率。原配熒光染料具有較高且穩定的量子產率，能保證在與 RNA 結合后產生較強且穩定的熒光信號，以實現準確檢測。不同品牌的染料量子產率可能較低，產生的熒光信號較弱，增加了檢測的背景噪音，降低了檢測的靈敏度和準確性；或者量子產率不穩定，會使熒光信號隨時間或環境條件變化而波動，影響結果的重復性。

片段大小區分能力：Qubit RNA IQ Assay Kit 的原配染料通過對不同大小 RNA 片段的熒光信號分布分析，來評估 RNA 的完整性，如計算 RIN 值和 28S/18S 比值等。不同品牌的熒光染料可能對不同大小 RNA 片段的結合特性不同，無法準確反映不同片段的真實分布情況，導致計算出的 RIN 值和 28S/18S 比值不準確，不能真實反映 RNA 的質量。

構象敏感性：原配熒光染料對 RNA 的二級結構等構象有一定的敏感性，能更全面地評估 RNA 的質量。而其他品牌染料可能對 RNA 構象不敏感，無法檢測到 RNA 結構變化對其質量的影響，從而使檢測結果不能準確反映 RNA 的實際質量狀況。