拖尾：若樣品濃度過高，會使蛋白質或核酸分子在凝膠中移動時相互干擾，導致條帶拖尾。另外，樣品溶解不充分，存在未溶解的顆粒，也會造成條帶拖尾，因為這些顆粒會在電泳過程中不規則移動，影響條帶的形狀。

扭曲變形：處理樣品時若局部受熱或 pH 值不均勻，會使生物大分子的結構發生改變，從而在電場中的遷移行為異常，導致條帶扭曲變形。例如，在蛋白質電泳中，若加入的 SDS 不均勻，會使蛋白質分子結合的 SDS 量不同，導致其帶電情況和構象變化不一致，進而使條帶變形。

樣品未充分分離：如果在樣品處理過程中，沒有使蛋白質或核酸充分變性或解聚，那么它們可能會以多聚體或復合物的形式存在，在電泳時無法按照各自的分子量大小進行有效分離，使得條帶分辨率降低，相鄰條帶難以區分。

擴散現象嚴重：樣品處理后若未及時進行電泳，或在電泳過程中樣品槽中的樣品泄漏，都會導致樣品在凝膠中擴散，使條帶變寬，分辨率下降。例如，核酸樣品在加樣前若在室溫下放置時間過長，其在溶液中的擴散會使加樣后形成的條帶變模糊。

樣品降解：在樣品收集、保存或處理過程中，若受到核酸酶、蛋白酶等的作用，會導致核酸或蛋白質降解。例如，在提取 RNA 時，若實驗環境中存在 RNA 酶，會使 RNA 被降解，在電泳結果中表現為條帶缺失或信號減弱。

樣品損失：在樣品處理的各個環節，如轉移、離心等過程中，若操作不當，可能會導致樣品的丟失。例如，在吸取樣品時，移液器操作不準確，可能會少吸取部分樣品，或者在離心過程中，離心管破裂導致樣品損失，最終使電泳條帶信號減弱甚至缺失。

雜質干擾：處理樣品時，如果混入了其他雜質，如在細胞裂解過程中未去除干凈的細胞碎片、培養基成分等，這些雜質可能會在電泳過程中與目標生物大分子一起遷移，形成非特異性條帶，干擾對結果的分析。

化學反應產生異常產物：樣品處理過程中，若發生了一些非預期的化學反應，如蛋白質的氧化、糖基化等，可能會產生一些修飾后的蛋白質產物，它們在電泳中會形成額外的條帶，影響對正常條帶的判斷。