梯度凝膠預實驗：若不確定目標蛋白最佳分離濃度，可利用試劑盒少量試劑制作梯度凝膠進行預實驗。先將不同濃度凝膠溶液分層灌注，待聚合后進行電泳，通過預實驗快速確定分離的凝膠濃度，節省正式實驗時間和試劑用量。

多膠同步制備：當需同時處理多個樣品時，根據試劑盒規格和電泳槽容量，可一次配制多份凝膠溶液，同時灌注多個凝膠。但要注意記錄好各凝膠對應的樣品信息，避免混淆。如進行蛋白質組學差異表達分析，一次制備多個凝膠，可同步分析不同樣本，提高實驗效率。

恒溫設備輔助：在環境溫度不穩定的情況下，使用恒溫平臺或水浴鍋保持凝膠溶液和電泳槽溫度恒定。如在寒冷環境中，將混合好的凝膠溶液放在 30℃恒溫平臺上，可加快凝膠聚合速度且保證聚合均勻性，避免因溫度過低導致的聚合異常。

離心機妙用：混合凝膠溶液后，若溶液中仍有少量難以排出的氣泡，可將盛放溶液的容器放入離心機，以低速（如 1000 - 2000 rpm）離心 1 - 2 分鐘，使氣泡集中到溶液表面，方便去除。

溶液預過濾：若懷疑預混試劑或添加的去離子水、緩沖液存在雜質，可使用 0.22μm 或 0.45μm 的濾膜對溶液進行過濾后再配制凝膠。尤其在對條帶清晰度要求的實驗中，過濾操作能有效去除可能影響蛋白質遷移的微小顆粒，提高凝膠質量。

加樣孔修復：若拔梳子時不慎損壞加樣孔，可在電泳前用少量未聚合的凝膠溶液對破損處進行修補。用微量移液器吸取凝膠溶液，小心滴加到破損加樣孔處，待其聚合后，可一定程度恢復加樣孔形狀，減少對樣品加樣和電泳結果的影響。

試劑回收利用：試劑盒中未使用完且未受污染的試劑，如緩沖液等，可按照要求妥善保存，用于后續實驗的清洗或其他輔助步驟。但要注意，已混合的凝膠溶液不可回收，避免污染其他試劑。

環保處理：實驗產生的廢棄凝膠和試劑，需按照實驗室危險廢物處理規定進行分類處置。聚丙烯酰胺凝膠雖低毒，但不可隨意丟棄，應收集后進行無害化處理；含 SDS 等化學試劑的廢液，需倒入指定的化學廢液收集容器，統一交由專業機構處理，防止環境污染。