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引物設(shè)計：打開專門的引物設(shè)計軟件，比如 Primer Premier。先導(dǎo)入目的基因和線性化載體的序列文件，在軟件中找到引物設(shè)計功能模塊。設(shè)計引物時，一定要在目的基因兩端添加與線性化載體末端 15 - 25bp 的同源臂序列，確保它們能配對。同時，仔細調(diào)整引物的 Tm 值，盡量讓上下游引物的 Tm 值相差不超過 2℃，并且保證引物的 GC 含量在 40% - 60% 之間，避免引物形成二聚體或發(fā)夾結(jié)構(gòu)。設(shè)計完成后，將引物序列導(dǎo)出并記錄好。
準備 PCR 反應(yīng)體系：在干凈的 PCR 管中，依次加入以下成分：模板 DNA（即目的基因模板）、dNTP Mix（提供合成 DNA 的原料）、剛剛設(shè)計好的上下游引物、Taq DNA 聚合酶（催化 DNA 合成）、PCR 緩沖液（為反應(yīng)提供合適的環(huán)境），最后用超純水補齊反應(yīng)體系至合適體積（一般為 20 - 50μL）。添加試劑時，建議使用帶濾芯的槍頭，防止污染，并且每加完一種試劑，及時蓋上管蓋。
進行 PCR 擴增：將配好的 PCR 反應(yīng)管放入 PCR 儀中，按照預(yù)先設(shè)定好的程序進行擴增。一般的程序包括：94℃預(yù)變性 5 分鐘，使 DNA 雙鏈充分解開；然后進入循環(huán)階段，94℃變性 30 秒，讓 DNA 雙鏈再次分開；根據(jù)引物的 Tm 值設(shè)定退火溫度（通常比 Tm 值低 5℃左右），退火 30 秒，使引物與模板結(jié)合；72℃延伸 1 分鐘 /kb（根據(jù)目的基因片段長度調(diào)整），讓 Taq 酶合成新的 DNA 鏈；重復(fù)循環(huán) 30 - 35 次；最后 72℃延伸 10 分鐘，確保 DNA 合成。
檢測與純化 PCR 產(chǎn)物：PCR 結(jié)束后，取 5 - 10μL 的 PCR 產(chǎn)物，與適量的上樣緩沖液混合，然后加到瓊脂糖凝膠的加樣孔中進行電泳檢測。電泳結(jié)束后，在凝膠成像系統(tǒng)下觀察，確認 PCR 產(chǎn)物的片段大小是否正確。如果片段大小正確，就使用 DNA 純化試劑盒對 PCR 產(chǎn)物進行純化。按照試劑盒說明書的步驟，先加入結(jié)合緩沖液，使 DNA 結(jié)合到吸附柱上，然后依次進行洗滌、離心等操作，去除引物、dNTP 等雜質(zhì)，最后用適量的洗脫緩沖液將純化后的目的基因片段洗脫下來，收集到干凈的離心管中備用。
根據(jù)載體選擇線性化方法：如果載體上有合適的單一限制性內(nèi)切酶識別位點，就選擇對應(yīng)的限制性內(nèi)切酶進行酶切。比如，載體上有 EcoR I 的識別位點，就準備 EcoR I 限制性內(nèi)切酶、相應(yīng)的緩沖液和載體 DNA。在離心管中依次加入載體 DNA、限制性內(nèi)切酶、緩沖液，用超純水補齊體積，輕輕混勻后，將離心管放入合適溫度（一般為 37℃）的恒溫金屬浴或水浴鍋中，孵育 2 - 4 小時，使酶切反應(yīng)充分進行。
若載體無合適酶切位點：可以采用 PCR 擴增的方式制備線性化載體。設(shè)計引物時，引物的 5' 端要包含與載體兩端互補的序列，3' 端則根據(jù)需要設(shè)計合適的序列。然后按照與擴增目的基因類似的 PCR 反應(yīng)體系和程序進行擴增，得到線性化的載體片段。
線性化載體的檢測與純化：酶切或 PCR 擴增完成后，同樣通過瓊脂糖凝膠電泳對線性化載體進行分離，觀察載體是否線性化。確認線性化成功后，使用 DNA 純化試劑盒對線性化載體進行純化，去除未線性化的載體和其他雜質(zhì)，收集純化后的線性化載體備用。
準備反應(yīng)體系：按照無縫克隆試劑盒的說明書，在干凈的離心管中依次加入純化后的目的基因片段、線性化載體、重組酶混合液、反應(yīng)緩沖液。注意各成分的加入量要準確，一般可以使用移液槍的最小量程檔進行精確吸取。加完所有成分后，用手指輕彈離心管底部，使反應(yīng)液充分混勻，避免產(chǎn)生氣泡。
進行反應(yīng)：將混合好的反應(yīng)體系放入恒溫金屬浴或水浴鍋中，在 50℃條件下孵育 30 分鐘 - 1 小時。在反應(yīng)過程中，盡量不要移動反應(yīng)管，以免影響反應(yīng)效果。
制備感受態(tài)細胞：可以購買商品化的感受態(tài)細胞（如 DH5α等），也可以自己制備。如果是自己制備，一般采用化學(xué)法，將對數(shù)生長期的細菌培養(yǎng)物用氯化鈣等試劑處理，使細菌處于一種容易吸收外源 DNA 的狀態(tài)，即感受態(tài)。制備好的感受態(tài)細胞要保存在 - 80℃冰箱中，使用時迅速取出并置于冰上解凍。
進行轉(zhuǎn)化：取 50 - 100μL 的感受態(tài)細胞，加入 5 - 10μL 的無縫克隆反應(yīng)產(chǎn)物，輕輕混勻后，冰浴 30 分鐘，讓 DNA 充分吸附在細胞表面。然后將離心管放入 42℃水浴中熱激 45 - 60 秒，使細胞瞬間吸收 DNA，接著迅速將離心管放回冰浴中 2 - 3 分鐘，穩(wěn)定細胞狀態(tài)。
復(fù)蘇與篩選：在離心管中加入 500 - 1000μL 不含抗生素的液體培養(yǎng)基（如 LB 培養(yǎng)基），將離心管置于恒溫搖床中，37℃、150 - 200rpm 振蕩培養(yǎng) 1 小時，讓細胞復(fù)蘇并表達抗生素抗性基因。培養(yǎng)結(jié)束后，將菌液離心，棄去部分上清，留下適量菌液（一般 100 - 200μL），用槍頭輕輕吹打混勻后，涂布在含有相應(yīng)抗生素的固體培養(yǎng)基上。將培養(yǎng)皿倒置，放入 37℃恒溫培養(yǎng)箱中培養(yǎng)過夜，第二天觀察菌落生長情況。
陽性克隆驗證：挑取單菌落，接種到含有相應(yīng)抗生素的液體培養(yǎng)基中，37℃振蕩培養(yǎng) 4 - 6 小時。然后取少量菌液進行菌落 PCR，初步判斷克隆是否正確。如果菌落 PCR 結(jié)果顯示有條帶且大小正確，再進一步進行限制性內(nèi)切酶酶切鑒定或 DNA 測序。將菌液送去測序公司進行 DNA 測序，拿到測序結(jié)果后，與目的基因和載體的原始序列進行比對，確認目的基因是否準確無誤地連接到載體上，只有驗證正確的陽性克隆才能用于后續(xù)實驗。
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