選擇合適的提取試劑：根據(jù)樣品來源選擇針對性的提取試劑。對于動物組織，使用含有蛋白酶抑制劑的 RIPA 裂解液，可有效抑制蛋白酶活性，防止蛋白質(zhì)降解；植物樣品則可選用含 β- 巰基乙醇的提取緩沖液，能打破植物細(xì)胞的二硫鍵，使蛋白質(zhì)充分釋放。若提取膜蛋白，需使用專門的膜蛋白提取試劑盒，其中的非離子型去垢劑可溫和溶解膜蛋白，保持其天然構(gòu)象 。

優(yōu)化提取方法：采用機(jī)械破碎與化學(xué)裂解相結(jié)合的方式，提高蛋白質(zhì)提取效率。如對細(xì)菌樣品，先使用超聲波破碎儀進(jìn)行物理破碎，再加入裂解液進(jìn)行化學(xué)裂解，確保細(xì)胞破碎，蛋白質(zhì)充分釋放。同時，在提取過程中，盡量保持低溫環(huán)境（0 - 4℃），減少蛋白質(zhì)降解。

嚴(yán)格控制變性條件：樣品與上樣緩沖液混合后，變性溫度和時間需精準(zhǔn)把控。一般在 95 - 100℃下加熱 3 - 10 分鐘，對于含有大量二硫鍵的蛋白質(zhì)，可適當(dāng)延長加熱時間至 10 分鐘，確保二硫鍵充分?jǐn)嗔眩沟鞍踪|(zhì)伸展為線性分子。加熱完成后，立即將樣品置于冰浴中快速冷卻，防止蛋白質(zhì)重新聚集。

優(yōu)化上樣緩沖液配方：根據(jù)實(shí)驗(yàn)需求，可對 SDS-PAGE 上樣緩沖液進(jìn)行優(yōu)化。若需增強(qiáng)蛋白質(zhì)的還原效果，可適當(dāng)增加 β- 巰基乙醇或二硫蘇糖醇（DTT）的用量；對于一些對 pH 敏感的蛋白質(zhì)，可調(diào)整緩沖液中 Tris-HCl 的濃度，維持合適的 pH 環(huán)境，保證蛋白質(zhì)充分變性且不發(fā)生沉淀。

確定最佳上樣量：通過預(yù)實(shí)驗(yàn)摸索最佳上樣量。將樣品進(jìn)行梯度稀釋，分別取不同體積上樣電泳，觀察條帶清晰度和分離效果，選擇條帶清晰、無拖尾和重疊的上樣量作為最佳值。一般來說，每孔總蛋白上樣量控制在 10 - 20μg，對于純化的蛋白質(zhì)樣品，5 - 10μg 即可滿足分析需求。

保證上樣準(zhǔn)確性：使用校準(zhǔn)后的微量移液器進(jìn)行上樣操作，吸取樣品時緩慢吸液，確保吸頭內(nèi)無氣泡。上樣時，將移液器吸頭垂直插入加樣孔底部，緩慢推出樣品，避免樣品溢出至相鄰泳道，保證各泳道上樣量一致，減少實(shí)驗(yàn)誤差。

離心處理：樣品提取后，通過高速離心（12000 - 15000 rpm，離心 10 - 15 分鐘）去除細(xì)胞碎片、不溶性雜質(zhì)等。離心后的上清液即為蛋白質(zhì)樣品，可用于后續(xù)實(shí)驗(yàn)。若樣品中仍存在微小顆粒，可進(jìn)一步使用 0.22μm 或 0.45μm 的濾膜進(jìn)行過濾。

脫鹽處理：當(dāng)樣品中鹽濃度過高時，會影響蛋白質(zhì)在凝膠中的遷移。可采用透析、超濾或脫鹽柱等方法進(jìn)行脫鹽處理，降低鹽濃度，使蛋白質(zhì)遷移更順暢，提高電泳分辨率。